Notebook for using SSW (Solar Soft Ware) on GDL (GNU Data Language).
前回の記事では、GDL上で作成した論文用のEPSファイルがどうにもおかしかった。
In the previous article, I tried to re-make an EPS file of my paper.
An obtained EPS file is incorrect.
Next, I investigate an origin of this error.
2017年8月20日日曜日
GDLSSW007, PSとEPS (2) PLplot導入
GDL (GNU Data Language) 上で SSW (Solar Soft Ware) を使うためのメモ書き
PLplot自身から、PSファイルとEPSファイルの作成を試みる。
参考にしたサイト, PLplot
PLplot自身から、PSファイルとEPSファイルの作成を試みる。
参考にしたサイト, PLplot
2017年8月19日土曜日
GDLSSW006, PSとEPS (1)
GDL (GNU Data Language) 上で SSW (Solar Soft Ware) を使うためのメモ書き
前回の記事では、GDL上で作成した論文用のEPSファイルがどうにもおかしかった。
この不具合がどこから来ているのかを調べる。
前回の記事では、GDL上で作成した論文用のEPSファイルがどうにもおかしかった。
この不具合がどこから来ているのかを調べる。
2017年8月10日木曜日
GDLSSW005_en, EPS, MDI, and Trace (2)
Notebook for using SSW (Solar Soft Ware) on GDL (GNU Data Language).
As described in the previous article, I try to re-make a figure made on IDL in the past, to confirm how SSW works on GDL.
The following figure is the figure 3 of Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75).
The following figure is made on GDL with the procedure that is used for the above figure.
These figures are converted to JPG files from EPS files with 'convert' command.
Followings are differences between these figures.
In GDL, PLplot is used for plotting.
Plot region is one of the fundamental settings, and font is another.
So, now PLplot does not work well on GDL.
The overwritten contours may be a problem of GDL.
In GDL, although there is no 'xloadct,' one can use 'loadct'.
On X-window, contours (plot_map,/over,lcolor) are overwritten in a single color.
However, I plot a new map after this plotting, a changed color-bar is used in this new map.
As a conclusion on GDL, 'It is OK as quick-look, but one cannot do precise settings'.
To write a scientific paper, these errors are so bad.
We should improve GDL.
In reading TRACE data, several messages appear.
But, GDL did not stop.
As described in the previous article, I try to re-make a figure made on IDL in the past, to confirm how SSW works on GDL.
The following figure is the figure 3 of Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75).
The following figure is made on GDL with the procedure that is used for the above figure.
These figures are converted to JPG files from EPS files with 'convert' command.
Followings are differences between these figures.
- Different figure sizes. (the original figure is 8cm width and 8cm height.)
- Different fonts. (The original font is Times-Roman.）
- Different colors of field-strength contours. (width of contours may be different.）
- (Variations of green look different)
In GDL, PLplot is used for plotting.
Plot region is one of the fundamental settings, and font is another.
So, now PLplot does not work well on GDL.
The overwritten contours may be a problem of GDL.
In GDL, although there is no 'xloadct,' one can use 'loadct'.
On X-window, contours (plot_map,/over,lcolor) are overwritten in a single color.
However, I plot a new map after this plotting, a changed color-bar is used in this new map.
 |
| A plotted map on X-window. |
 |
| A new map in changed color-bar. |
As a conclusion on GDL, 'It is OK as quick-look, but one cannot do precise settings'.
To write a scientific paper, these errors are so bad.
We should improve GDL.
In reading TRACE data, several messages appear.
But, GDL did not stop.
2017年8月9日水曜日
GDLSSW005, EPS作成、MDIとTrace, その2
GDL (GNU Data Language) 上で SSW (Solar Soft Ware) を使うためのメモ書き
前回の記事に書いたように、SSWの挙動を確認するために、過去にIDLで作成した図を再度作成する。
画像は、Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75)の図3である。（以下の図）
GDL上で、同じプロシージャで作成した図が以下である。
どちらの図もEPSファイルをconvertコマンドでJPGにしている。
以下、図の違いである。
GDLではプロット関係では、PLplotを利用している。
プロット領域の設定は基本だろうし、フォントについてはPLplotのドキュメントを読む限り使えるはずで、この辺のPLplotとの調整はまだうまく行っていない模様。
色違いの磁場強度の輪郭線を上書きできないのもPLplot関係なのか？
GDL上に'xloadct'は見つからないが、loadctは実行可能。
Xウインドウ上でプロット(plot_map,/over,lcolor)させても同じように単色の輪郭線しか書けないが、新たにプロットすると、新しいカラーテーブルで表示される。
GDLでのプロットの結論として、「最低限の表示はできるが、細かい調整はできない」。
クイックルックには十分だが、EPSファイルを思ったように作成できないのは、論文作成のためには致命的な欠陥。
IDLとGDLのEPSで、TRACE画像の緑の濃さが若干異なる気がするが、IDLのファイルを再現できる環境では無いので、これは要注意。
TRACEのprepで色々メッセージが出ているが、どれがダメなのかよく分からない。（止まってはいない）
前回の記事に書いたように、SSWの挙動を確認するために、過去にIDLで作成した図を再度作成する。
画像は、Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75)の図3である。（以下の図）
GDL上で、同じプロシージャで作成した図が以下である。
どちらの図もEPSファイルをconvertコマンドでJPGにしている。
以下、図の違いである。
- 画像の大きさが違う。（縦8cm、横8cmに設定）
- フォントが違う（Times-Romanに設定）
- 磁場強度の輪郭線の色が違う。（線の太さも細い気がする）
- （緑の濃さが若干異なる気がする）
GDLではプロット関係では、PLplotを利用している。
プロット領域の設定は基本だろうし、フォントについてはPLplotのドキュメントを読む限り使えるはずで、この辺のPLplotとの調整はまだうまく行っていない模様。
色違いの磁場強度の輪郭線を上書きできないのもPLplot関係なのか？
GDL上に'xloadct'は見つからないが、loadctは実行可能。
Xウインドウ上でプロット(plot_map,/over,lcolor)させても同じように単色の輪郭線しか書けないが、新たにプロットすると、新しいカラーテーブルで表示される。
|
| Xウインドウ上でのプロット。縮小表示している。 |
|
| 異なるカラーバーでのプロット。縮小表示。 |
GDLでのプロットの結論として、「最低限の表示はできるが、細かい調整はできない」。
クイックルックには十分だが、EPSファイルを思ったように作成できないのは、論文作成のためには致命的な欠陥。
IDLとGDLのEPSで、TRACE画像の緑の濃さが若干異なる気がするが、IDLのファイルを再現できる環境では無いので、これは要注意。
TRACEのprepで色々メッセージが出ているが、どれがダメなのかよく分からない。（止まってはいない）
2017年8月6日日曜日
GDLSSW004_en, EPS, MDI, and Trace
Notebook for using SSW (Solar Soft Ware) on GDL (GNU Data Language).
To confirm how SSW works on GDL, I try to make a figure previously made in IDL.
The following is the figure 3 of Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75).
This JPG figure is made from the original EPS file via 'convert' command.
The event in this figure is a X10 flare in AR10486.
Plotted is a 1600 A image observed by TRACE, and red and blue contoures show positive and negative field strengths of MDI.
Subjects in this trying are 1) to read observed data (fits files), 2) to make map structures, and 3) to make EPS files.
First, I try to read MDI data and to plot a map structure.
There is no error message in reading MDI data.
'mreadfits.pro' to read multiple FITS files also works.
However, contents of data may be incorrect.
As far as I remember, outside of the photosphere, values are the minimum value of FLOAT.
These values are 'nan.'
In making map structure, several messages appear.
% Compiled module: GET_FITS_CDELT.
% Compiled module: REP_TAG_NAME.
% Compiled module: IS_NUMBER.
% Compiled module: IS_NUMBER2.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel1' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel2' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dxb_img' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dyb_img' to FLOAT.
% Compiled module: GET_FITS_CEN.
I checked procedures, and found that 'finite' function in is_number2.pro show these messages.
index2map.pro -> get_fits_par.pro -> get_fits_cdelt.pro -> rep_tag_name.pro -> is_number.pro -> is_number2.pro
These messages can be ignored.
After excluding 'nan' value, map structure is shown as follows.
The dynamic range is ±3000 G.
I exclude 'nan' as follows.
> w0=where(finite(data0,/nan))
> data0[w0]=-30000.
If one does not exclude 'nan' value from data, '0' value is overwritten there in plot_map_index.pro.
The following figure is a result of this.
To confirm how SSW works on GDL, I try to make a figure previously made in IDL.
The following is the figure 3 of Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75).
This JPG figure is made from the original EPS file via 'convert' command.
The event in this figure is a X10 flare in AR10486.
Plotted is a 1600 A image observed by TRACE, and red and blue contoures show positive and negative field strengths of MDI.
Subjects in this trying are 1) to read observed data (fits files), 2) to make map structures, and 3) to make EPS files.
MDI data and map structure
First, I try to read MDI data and to plot a map structure.
There is no error message in reading MDI data.
'mreadfits.pro' to read multiple FITS files also works.
However, contents of data may be incorrect.
As far as I remember, outside of the photosphere, values are the minimum value of FLOAT.
These values are 'nan.'
In making map structure, several messages appear.
% Compiled module: GET_FITS_CDELT.
% Compiled module: REP_TAG_NAME.
% Compiled module: IS_NUMBER.
% Compiled module: IS_NUMBER2.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel1' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel2' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dxb_img' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dyb_img' to FLOAT.
% Compiled module: GET_FITS_CEN.
I checked procedures, and found that 'finite' function in is_number2.pro show these messages.
index2map.pro -> get_fits_par.pro -> get_fits_cdelt.pro -> rep_tag_name.pro -> is_number.pro -> is_number2.pro
These messages can be ignored.
After excluding 'nan' value, map structure is shown as follows.
The dynamic range is ±3000 G.
I exclude 'nan' as follows.
> w0=where(finite(data0,/nan))
> data0[w0]=-30000.
If one does not exclude 'nan' value from data, '0' value is overwritten there in plot_map_index.pro.
The following figure is a result of this.
GDLSSW004, EPS作成、MDIとTrace
GDL (GNU Data Language) 上で SSW (Solar Soft Ware) を使うためのメモ書き
SSWの挙動を確認するために、過去にIDLで作成した図を再度作成する。
画像は、Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75)の図3である。（以下の図）
オリジナルのEPSファイルをconvertコマンドでJPGにしたら、こんな感じになってしまった。
イベントはAR10486で起きたX10フレアで、TRACEで観測された1600Aの画像に、MDIの磁場強度の輪郭線を書いている。
この図の作成の要点は、データの読み込み、マップ化、EPSファイルの作成である。
まずは、MDIについて、データの読み込みとマップ化を試みた。
MDIのFITSデータの読み込みについてはエラーメッセージは出なかった。
複数のファイルを一度に読み込む'mreadfits'も機能している。
ただ、データの内容については、おかしいかもしれない。
私の記憶では、MDIデータを読み込んだ後のアレイ（e.g., float[1024,1024]）で、光球面の外には、float最小値である-32000?程度の値が入っているはずだったが、そこに全て'nan'が入っていた。
マップ化でエラーメッセージ？が出た。
% Compiled module: GET_FITS_CDELT.
% Compiled module: REP_TAG_NAME.
% Compiled module: IS_NUMBER.
% Compiled module: IS_NUMBER2.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel1' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel2' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dxb_img' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dyb_img' to FLOAT.
% Compiled module: GET_FITS_CEN.
STRINGをFLOATに変換できないと言っているのは、is_number2.pro中の'finite'関数である。
index2map.pro -> get_fits_par.pro -> get_fits_cdelt.pro -> rep_tag_name.pro -> is_number.pro -> is_number2.pro
結論として、これらのメッセージは無視して良い。
このようにして作ったマップを表示すると、以下のようになる。
<<新版、8/6, 13時台>>
上に書いたように、光球面外の値がnanになっているので、以下の処理をした。
> w0=where(finite(data0,/nan))
> data0[w0]=-30000.
±3000Gで表示している。
なお最近のplot_mapは、キーワード無しで使うと、エラーを吐いて止まってしまう。
ベクトル化とかplot_map_index.pro ってなんなんすか、Zarroさん。
<<旧版、8/6, 1時台>>
この図では、光球面の外側も黒白カラーテーブルの中間色である灰色になってしまっている。
以前作った時は、ここが最低値の黒色になっていたはずである。（過去に作成した図で確認した）
そこで、データのnanの領域を-30000などの数値に変えようとしたがうまくいかない。
以下、data0がデータ、map0がマップ構造体である。
GDL> print,data0[0,0]
nan
GDL> print,data0[10,10]
nan
GDL> print,map0.data[10,10]
nan
GDL> w0=where(data0 eq !VALUES.F_NAN)
GDL> help,w0
W0 LONG = -1
GDL> print,data0[0,0],!VALUES.F_NAN
nan nan
GDL> help,data0[0,0],!VALUES.F_NAN
<Expression> FLOAT = nan
<Expression> FLOAT = nan
GDL> print,(data0[0,0] eq !VALUES.F_NAN)
0
whereと!VALUES.F_NANを使って、nanの領域を取り出せるかと思ったら失敗。
何より困った事に、データ中のnanとシステム変数のnanが一致しない。
なんか間違えてるかな？
SSWの挙動を確認するために、過去にIDLで作成した図を再度作成する。
画像は、Yamamoto & Sakurai (2009, PASJ, 61, 75)の図3である。（以下の図）
オリジナルのEPSファイルをconvertコマンドでJPGにしたら、こんな感じになってしまった。
イベントはAR10486で起きたX10フレアで、TRACEで観測された1600Aの画像に、MDIの磁場強度の輪郭線を書いている。
この図の作成の要点は、データの読み込み、マップ化、EPSファイルの作成である。
MDIデータの読み込みとマップ化
まずは、MDIについて、データの読み込みとマップ化を試みた。
MDIのFITSデータの読み込みについてはエラーメッセージは出なかった。
複数のファイルを一度に読み込む'mreadfits'も機能している。
ただ、データの内容については、おかしいかもしれない。
私の記憶では、MDIデータを読み込んだ後のアレイ（e.g., float[1024,1024]）で、光球面の外には、float最小値である-32000?程度の値が入っているはずだったが、そこに全て'nan'が入っていた。
マップ化でエラーメッセージ？が出た。
% Compiled module: GET_FITS_CDELT.
% Compiled module: REP_TAG_NAME.
% Compiled module: IS_NUMBER.
% Compiled module: IS_NUMBER2.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel1' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'cdel2' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dxb_img' to FLOAT.
% Input conversion error.
% Type conversion error: Unable to convert given STRING: 'dyb_img' to FLOAT.
% Compiled module: GET_FITS_CEN.
STRINGをFLOATに変換できないと言っているのは、is_number2.pro中の'finite'関数である。
index2map.pro -> get_fits_par.pro -> get_fits_cdelt.pro -> rep_tag_name.pro -> is_number.pro -> is_number2.pro
結論として、これらのメッセージは無視して良い。
このようにして作ったマップを表示すると、以下のようになる。
<<新版、8/6, 13時台>>
上に書いたように、光球面外の値がnanになっているので、以下の処理をした。
> w0=where(finite(data0,/nan))
> data0[w0]=-30000.
±3000Gで表示している。
なお最近のplot_mapは、キーワード無しで使うと、エラーを吐いて止まってしまう。
ベクトル化とかplot_map_index.pro ってなんなんすか、Zarroさん。
<<旧版、8/6, 1時台>>
この図では、光球面の外側も黒白カラーテーブルの中間色である灰色になってしまっている。
以前作った時は、ここが最低値の黒色になっていたはずである。（過去に作成した図で確認した）
そこで、データのnanの領域を-30000などの数値に変えようとしたがうまくいかない。
以下、data0がデータ、map0がマップ構造体である。
GDL> print,data0[0,0]
nan
GDL> print,data0[10,10]
nan
GDL> print,map0.data[10,10]
nan
GDL> w0=where(data0 eq !VALUES.F_NAN)
GDL> help,w0
W0 LONG = -1
GDL> print,data0[0,0],!VALUES.F_NAN
nan nan
GDL> help,data0[0,0],!VALUES.F_NAN
<Expression> FLOAT = nan
<Expression> FLOAT = nan
GDL> print,(data0[0,0] eq !VALUES.F_NAN)
0
whereと!VALUES.F_NANを使って、nanの領域を取り出せるかと思ったら失敗。
何より困った事に、データ中のnanとシステム変数のnanが一致しない。
なんか間違えてるかな？
2017年8月4日金曜日
GDLSSW004_en, sswdb and make_mirror.pro
Notebook for using SSW (Solar Soft Ware) on GDL (GNU Data Language).
In the previous article, the errors on 'ON_IOERROR' are modified.
Next, sswdb_upgrade.pro stoped in make_mirror.pro.
In the previous article, the errors on 'ON_IOERROR' are modified.
Next, sswdb_upgrade.pro stoped in make_mirror.pro.
make_mirror.pro
GDLSSW003_en, sswdb and ON_IOERROR
Notebook for using SSW (Solar Soft Ware) on GDL (GNU Data Language).
In the previous article, ssw_gdl starts with error messages.
Next, I executed sswdb_upgrade.pro for install of SSWDB.
For SSWDB, one needs a text file (setup.sswdb_upgrade) made by selecting instruments.
In the previous article, ssw_gdl starts with error messages.
Next, I executed sswdb_upgrade.pro for install of SSWDB.
GDLSSW002_en, setup of SSW
Notebook for using SSW (Solar Soft Ware) on GDL (GNU Data Language).
I checked GDL, and confrimed 'plot' and 'tvscl.'
Next, I tried to start SSW on GDL.
I checked GDL, and confrimed 'plot' and 'tvscl.'
Next, I tried to start SSW on GDL.
GDLSSW001_en, Installing of GDL and SSW
Notebook for using SSW (Solar Soft Ware) on GDL (GNU Data Language).
First, installing GDL and SSW.
My OS is Ubuntu 16.04 LTS.
First, installing GDL and SSW.
My OS is Ubuntu 16.04 LTS.
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