・Google Colabの知っておくべき使い方 – Google Colaboratoryのメリット・デメリットや基本操作のまとめ(codexa)
・Google Colabを導入(Qiita)
導入
動機はこれらの記事で紹介されているGoogle Colaboratory(以下、colab)である。
python環境がブラウザだけで手に入る、という事で試してみた。
記事に書いてあるように、このcolab, 真骨頂は単なるpython環境ではなく、GPUを使った機械学習らしい。(これは放置)
pythonを使うのは初めてだが、ここ数日で部分マップのプロット、等高線の重ね書きまでは出来た。
文法分からないし、コマンドも分からないが、ここまではなんとかなった。
図1、部分マップ画像。 |
SunPyのインストール、サンプル画像作成についてのコマンド集(ノートブック)はこちら。
install_sunpy00.ipynb
よく分からないが、Google Colabには「ファイル -> ノートブックをアップロード」とあるので、ダウンロードしたこのノートブックを皆も使えるはず。
私はpython3 環境を選択。
以前の記事で公開していたコードは新しい版に上書きしていたので、申し訳ないです。
Sunpyのインストール
colab自体の使い方は記事を見て欲しい。(計算機環境はかなり良いらしい
sunpy の導入については、ノートブックの最初の2つのコマンドが該当する。
!pip install sunpy[all]
!pip install pytest pytest_mock pytest-cov sqlalchemy hypothesis suds-jurko beautifulsoup4 requests glymur mock drms
詳細は、sunpyの該当ページを読んで欲しい。
第1のコマンドがsunpy自体のインストール、第2のコマンドが必要なライブライのインストールである。
これらのインストール後は、「ランタイムを再起動」する事をお勧めする。(再起動みたいなものだと思っている)
!pip install sunpy[all]
!pip install pytest pytest_mock pytest-cov sqlalchemy hypothesis suds-jurko beautifulsoup4 requests glymur mock drms
詳細は、sunpyの該当ページを読んで欲しい。
第1のコマンドがsunpy自体のインストール、第2のコマンドが必要なライブライのインストールである。
これらのインストール後は、「ランタイムを再起動」する事をお勧めする。(再起動みたいなものだと思っている)
一つ問題があって、このcolab環境、ログインのたびにsunpyのインストールをする事が必要かもしれない。(1分もかからないが)
テスト
sunpyのページにも書いてあるが、ノートブックの第3のコマンドは、インストールをテストするためのものである。
import sunpy
sunpy.self_test(online=False)
何がしかのエラーが出ると思うが、「モジュールが足りない」系のエラーについては、2つ目のコマンドでライブラリを適宜追加しなければならない。
エラーについては対応したが、Warningは無視した。(たくさん出るが)
テストは一度やれば十分だろう。
サンプルプロット
次の3つのコマンドは、sunpyのサイトに書いてあるように、AIAマップのプロット、GOES光度曲線のプロット、電波画像?のプロットである。
サンプルとなる全データは、最初のAIAマップのプロット時に自動ダウンロードされる。ちょっと待たなければならない。
これらは問題なく動くだろう。
次に2015年のsunpyについての論文の図を再現を試みた。
第7のコマンドは、上記の図1の部分マップを作成するためのものである。
必要なコマンドも論文中に書かれているが、このコマンドでは全く通用しなかった。
色々調べた結果が、先に挙げた図である。
第8のコマンドは、2015年の論文の図2にある複合マップを作成するためのものである。
等高線の描写はさらに手間がかかった。
サンプルデータ中のAIAとRHESSI画像を使用した。
以前プロットした際には、複合マップとして読み込むとなぜかarcsec単位でなかったが、本日改めてコマンドを走らせるとarcsec単位となっていた。(こういうのほんとめんどい)
等高線の設定書式が良く分からない。
しかしなんとか使えそう。
pythonの基本的な動かし方については、次の記事「Google Colaboratory で Sunpy、その2 EPS作成とGoogle Drive」でノートブックを公開している。(順番としてはこちらが先か?)
こちらのノートブックは随時更新している。
手元のLinuxでも試してみたが、sunpy以外のライブラリのインストールでエラーを吐いて、その後復旧しない(´;ω;`)。助けて。
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20180509, 記事を修正。
20181008, python で大量に画像作成してメモリが破綻したら、こちらの記事を読んでみて。「画像作成を繰り返した際に発生した Python の余計なメモリ消費(メモリリーク…」
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